Lilandra, la princesse de la race extra-terrestre Shi'ar, vint sur Terre pour demander de l'aide contre son frère D'Ken qui avait usurpé le trône, et qui menaçait l'Univers en tentant de s'emparer du cristal M'Kraan. Les X-Men aidèrent Lilandra à rétablir la situation, mais celle-ci, considérée comme traître à sa patrie, devait être jugée pour savoir si elle pouvait succéder à son frère. Elle décida de rester sur Terre en attendant la sentence. Xavier et elle tombèrent amoureux, ils étaient d'ailleurs déjà liés psychiquement alors que Lilandra essayait de rejoindre la Terre. Plus tard, Xavier devint prince consort de l'empire Shi'ar, avant que celui-ci ne mette à mort Phénix. Lilandra et lui se séparèrent sans pour autant cesser de s'aimer. Ils ne se virent plus que lorsque les choses allaient mal. Les suites d'une attaque cardiaque lui fit rejoindre l'équipe des Starjammers dont faisait à l'époque partie Lilandra. Il était encore à leur côté quand lui parvint la nouvelle de la mort supposée des X-Men à Dallas. Il y eut ces dernières années une annulation ab initio de leur mariage suite aux crimes monstrueux commis par la sœur jumelle de Xavier, Cassandra Nova.
Magneto et lui se sont souvent opposés lors des débuts de son équipe : Magneto est d'ailleurs devenu la Némésis du groupe, mais c'est un ennemi qui est devenu de plus en plus humain et raisonnable. Il a peu à peu changé de point de vue, au point où Xavier lui demanda de prendre en main l'école et une partie de ses équipes durant une de ses absences. Durant ce laps de temps, certains membres disparurent tragiquement, et Magneto se sentant coupable démissionna. Mais il fit à nouveau son apparition après bien des années : des mutants l'ayant supplié de reprendre le combat contre les humains qui les oppressaient, il se dressa à nouveau contre les X-Men, de manière plutôt violente. Xavier, écœuré par son ami, le priva de sa psyché, et Magneto sombra dans un coma végétatif.
En fait, la psyché de Magneto, plutôt ses frustrations et ses mauvais instincts se greffèrent sur Xavier. En quelque temps, ils firent ressortir ses côtés les plus enfouis, ses pensées les plus secrètes et ses désirs les plus inassouvis. Avant que Xavier ne se rende compte que son esprit lui échappait, Onslaught était né et avait pris entièrment le contrôle de son hôte. Il combattit alors les X-Men, les Vengeurs et les Fantastiques : les Vengeurs non mutants et les Fantastiques périrent, mais les X-Men arrivèrent à sauver Xavier de sa créature, et à la détruire. Depuis, Xavier est enfermé par le gouvernement pour éviter qu'un tel drame se reproduise. Après sa séparation d'avec Onslaught, il n'a d'ailleurs plus aucun pouvoir.
La jumelle de Xavier, Cassandra Nova, fut tuée par Xavier dans l'utérus de leur mère. Force psionique d'une grande puissance, son esprit survécut, et sous une forme protoplasmique, elle revint à la vie et pirata un groupe de Sentinelles pour détruire Génosha, l'île prise en main par Magnéto. L'attaque fit plusieurs millions de morts dans la population mutante.
Elle réussit de même à s'emparer du corps de Xavier et à vaincre la Garde Impériale Shi'ar. Actuellement, elle est enfermée à l'intérieur d'un garde Shi'ar et condamnée à apprendre. Elle prend une revanche dévastatrice dans The End Song.
Cassandra Nova fit une déclaration annonçant publiquement la mutation de Xavier. A la suite de quoi celui-ci entreprit de faire une tournée de conférences sur la condition mutante. Un mutant chinois, Xorn, lui rendit l'usage de ses jambes.
Il fonda aussi l'X-Corporation, avec des bureaux éparpillés sur le monde (Paris, Dubai, Hong-Kong, L.A.). Le but de l'organisation était de surveiller les droits des mutants et de les aider au besoin.
L'institut devint public aux yeux du monde, et accueillit de nombreux jeunes mutants. Un accident survint lors d'une journée porte ouverte, quand un étudiant, Quentin Quire (Kid Omega), provoqua une émeute avec son gang.
Peu assuré par la finalité de son rêve, il déclara prendre sa retraite et laissa son poste à Jean Grey, Emma Frost et Cyclope .
Xorn se révéla alors être Magnéto (en fait on apprit par la suite qu'il ne s'agissait pas du "vrai" Magneto). L'imposteur fit perdre à Xavier l'usage de ses jambes, et entreprit de détruire NYC, avant d'être stoppé par Wolverine et les X-Men. Jean grey fut tuée par Xorn avec une puissante charge statique…
Jean morte, et l'école laissée aux bons soins d'Emma Frost et Cyclope (devenus amants), Xavier partit pour l'île dévastée de Génosha, où il retrouva le véritable Magnéto, survivant de l'assaut des Sentinelles. Ils mirent de côté leurs différences et travaillèrent à rebâtir la nation.
Comme la mention de son titre l'indique, le professeur Xavier est une personne érudite qui exerce sagement son leadership envers ses apprentis. Par son handicap et son âge, il fait office d'une douce figure paternelle[1] qui guide idéologiquement ses suivants dans un monde confronté au « problème mutant ».
Charles Xavier est le plus grand télépathe du monde ; il peut tout aussi bien lire dans les pensées d'autres personnes que prendre le contrôle de leur corps et ainsi, faire d'eux sa marionnette. Il n'a pas beaucoup de limites en matière de transmission de pensée : il peut joindre les personnes qu'il veut sur la planète entière, en conditions normales, voire dans l'espace, tant qu'elles sont dans le système solaire.
Son pouvoir est décuplé par l'utilisation de Cerebro, une installation servant à détecter les mutations sur la planète.
Il participera également à la création du mutant le plus dangereux au monde : Onslaught.
En conséquence de son échec à soigner Wanda Maximoff, la Sorcière Rouge, le jour M vint. De retour de cette réalité alternative, le Professeur X perdit ses pouvoirs mais récupéra pour une énième fois l'usage de ses jambes.
Charles Xavier est persuadé, à l'instar de son ancien ami et adversaire Magnéto, que l'apparition de l'Homo Superior sur Terre est inéluctable. Mais, à l'opposé de son adversaire, il pense que les hommes et les mutants doivent vivre en harmonie, et non essayer de prendre le pouvoir les uns sur les autres.
Pour éviter aux humains et aux mutants les conséquences des malveillances des mutants hostiles à l'homme, ou des humains hostiles aux mutants, son école sert de base d'entraînement à plusieurs équipes de mutants, plus ou moins forts et plus ou moins capables d'utiliser à fond leurs pouvoirs. Lui et ses successeurs ont organisé ces équipes de la même façon : faire de plusieurs individualités fortes un groupe uni, avec un solide esprit d'équipe leur permettant de compter les uns sur les autres en cas de problème, et de pallier les écarts de pouvoirs entre eux.
Son idéal s'est trouvé grandement affaibli par Onslaught
Depuis son combat avec Lucifer, Xavier a plusieurs fois récupéré l'usage de ses jambes, mais l'a toujours reperdu. Grâce à la technologie Shi'ar, il a pu changer de corps, mais son dernier combat avec le Roi d'Ombre l'a de nouveau paralysé. Sa dernière récupération est récente et l'œuvre de la Sorcière Rouge.